Во-первых, не думаю, что Вы "прочесали библиотеку" Arageli по-файлово --- она достаточна объёмна

Хотя, я ничего не имею против такого прочёсывания.
Во-вторых, алгоритм Гомори в Arageli есть, а именно первый (циклический) алгоритм Гомори. Конкретно: функция нижнего уровня gomory1_iters (simplex_method.hpp). Если же Вас не интересует сам алгоритм, а надо лишь решить задачу целочисленного линейного программирования, то можно воспользоваться функцией intlinear_maximize_canonical или intlinear_minimize_canonical (linopt.hpp).
В-третьих, возможно вы смотрели старую версию библиотеки. Лучше брать самую (или почти) свежую из репозитория (
http://www.software.unn.ac.ru/arageli/trunk).